Trata del estudio y la investigación de los ecosistemas de la biosfera, sus componentes y procesos. Esta área incluye temas como teoría de sistemas, ecología de ecosistemas y su evolución histórica. Nuevas tendencias, como teoría de redes, termodinámica y emergía. Visión posnormal y modelos conceptuales en ciencia. El estudio de los Sistemas Físico-Ecológico-Sociales (FES-Sistemas) y la inclusión del hombre a través de instrumentos sociales y económicos.

Dentro del área de manejo integrado de ecosistemas, se considera el estudio de los componentes ecosistémicos y su relación con las sociedades humanas. Para ello utilizamos un enfoque transdisciplinario y el uso de herramientas y teorías de varias disciplinas. El manejo integrado se define como un proceso en el cual se desarrolla e implementa una estrategia coordinada para la localización de múltiples usos ambientales y socio-culturales de forma sustentable. Parar el desarrollo y aplicación del manejo integrado de ecosistemas fomentamos la aplicación de la gobernanza ambiental como un instrumento público-privado.

Los sistemas de información geográfica (SIG) y los programas de modelación espacial, hoy en día sirven como una herramienta que complementan los estudios ecológicos y ambientales. La Fundación CTF se caracteriza por contar con profesionales e investigadores en el uso de SIG aplicados al estudio de los ecosistemas naturales así como monitorear los efectos espaciales de las actividades antrópicas; como derrames de petróleo, manejo sustentable de los bosques, estudios oceanográficos y telemetría de biodiversidad. Hemos desarrollado en los últimos tiempos índices espaciales de Vulnerabilidad FES-Sistémica (compuesto por tres subíndices; el ecológico, físico y social), que es utilizado como prognosis dentro de la Evaluación Estratégica Ambiental.

Área de trabajo e investigación innovadora en Chile, la que es posible desde una mirada transdisciplinaria de las ciencias naturales y sociales. Incorpora instrumentos de otras disciplinas para el análisis y comprensión de la relación sociedad-naturaleza, tales como, la sociología, la antropología y la economía. Los temas que hemos desarrollado son: participación ciudadana, capital social, capital natural, vulnerabilidad social, riesgo, servicios ecosistémicos, todos enfocados a problemas ecológicos y medioambientales. Esta área cuenta con la colaboración de científicos de la Universidad de Chile, y de Universidades Europeas, en especial la de Barcelona en España y Versalles en Francia.

El desarrollo de modelos en ciencias ecológicas, así como en las ciencias ambientales, tiene como objetivo analizar, sintetizar y simplificar problemas complejos. Estos van desde la concepción de modelos conceptuales y modelos dinámicos, espacialmente de procesos y flujos (e.g. ciclo de nutrientes), hasta modelos espaciales para evaluar calidad del paisaje, riesgos y vulnerabilidad ambiental como base para la planificación territorial y modelos eco-sociales.

El análisis integrado de ecosistemas costeros requiere del uso de modelos numéricos para sintetizar de una forma fácilmente visualizable las interacciones de estos sistemas complejos. Los profesionales que trabajan en esta área son oceanógrafos y ecólogos expertos en modelación, los cuales utilizan el sistema de modelación MOHID. Además, contamos con el apoyo permanente de la Universidad de Chile y de Universidades Europeas como el Instituto Superior Técnico (IST) de Portugal.